La légende raconte que deux chasseurs répondant aux noms de Vagbadoto et de Hohounbo de coutume Fon étaient venus habiter dans une localité nommée Dagbégnon, une localité où vivait un certain Agbato, chasseur de coutume Sahouè originaire de Hounhoué dans le département du Mono. Un jour, les enfants de ce dernier étant partis à la chasse dans une épaisse forêt, avaient par mégarde tiré sur un homme, le prenant pour un animal. Il mourut aussitôt. Les parents du défunt se révoltèrent et voulurent tuer les pauvres enfants pour se venger. Une querelle vit alors le jour entre les deux familles. La situation était devenue invivable. Hohounbo qui était un ami intime de Agbato, avait été mis au courant de ses difficultés. Il lui fit appel pour venir habiter auprès de lui afin de sauver la vie de ses enfants. Ils prirent alors la fuite, traversèrent le lac Ahémé pour venir s’installer à Dagbégnon. Hohounbo heureux de voir son ami auprès de lui, le rassura en ces termes « non fi kpodo vi towe lekpo kpo non setin sin viton kon a » ce qui littéralement signifie : « Reste ici avec tous tes enfants. Car la panthère qui a mis bas n’abandonne jamais ses petits ». C’est à partir de ce jour que cette localité qui s’appelait DAGBEGNON prit peu à peu le nom de Kpomassè qui est devenu celui de la commune.
Pendant la période coloniale, Kpomassè dépendait du cercle de Ouidah. C’est en 1978 sous le régime révolutionnaire que le district rural de Kpomassè a été créé pour devenir plus tard, la sous-préfecture de Kpomassè.
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